Khomeini qua đời vào tháng 6 năm 1989 và một giáo sĩ khác, Seyed Ali Khamene'i, được Hội đồng chuyên gia chọn làm Thủ lĩnh tối cao mới. Khamenei đã từng là một Hojatoleslam cao cấp trước khi loại bỏ Montazeri. Việc lên làm thủ lĩnh của ông được nhiều Shi'a chấp nhận,[35] trong số các trường hợp ngoại lệ là Montazeri.

Vào tháng 12 năm 1989, những người ủng hộ Montazeri trong Qom đã phân phát " những lá thư đêm " đặt câu hỏi về trình độ của Khamenei để trở thành Marja e Taqlid ("Nguồn của Cảm hứng"), hay nói cách khác là Ayatollah. Để trả thù Vệ binh cách mạng "giam giữ và làm nhục" Montazeri, "buộc ông phải mặc quần áo ngủ thay vì turban màu trắng." [15]

Vào tháng 10 năm 1997, sau khi công khai chỉ trích thẩm quyền của nhà lãnh đạo tối cao Iran Ayatollah Khamenei, Ayatollah Montazeri bị quản thúc tại gia dưới cái cớ bảo vệ ông khỏi những kẻ cực đoan. Cuối cùng, ông đã được thoát khỏi quản thúc tại gia năm 2003 [36][37] sau khi "hơn 100 nhà lập pháp Iran" kêu gọi Tổng thống Khatami giải phóng Montazeri. Một số người nghĩ rằng chính phủ đã dỡ bỏ việc quản thúc tại gia để tránh khả năng xảy ra phản ứng dữ dội nếu Montazeri ốm yếu chết trong khi bị giam giữ.[38]

Chỉ trích chính phủ

Vào ngày 22 tháng 1 năm 2007, Grand Ayatollah Montazeri đã chỉ trích cựu Tổng thống Iran Mahmoud Ahmadinejad vì các chính sách hạt nhân và kinh tế của ông.[39][40]

Trong khi đồng ý Iran có quyền phát triển năng lượng hạt nhân, ông đã gọi cách tiếp cận vấn đề của Ahmadinejad là hung hăng, nói rằng: "Người ta phải đối phó với kẻ thù bằng trí tuệ, không kích động nó,... (sự khiêu khích) của anh ta chỉ tạo ra vấn đề cho đất nước " [40] và hỏi," Chúng ta cũng không có quyền khác sao? ", Đề cập đến quyền cá nhân và nhân quyền.[39] Montazeri cũng chỉ trích hiệu quả kinh tế của chính quyền của Ahmadinejad, lưu ý đến tỷ lệ lạm phát, bao gồm cả việc tăng 50% chi phí nhà ở - ông tranh cãi rằng một quốc gia không thể chạy theo "khẩu hiệu".[41]

Montazeri, trong một cuộc phỏng vấn năm 2008 với Đài Tiếng nói Hoa Kỳ liên quan đến kỷ niệm 29 năm của cuộc cách mạng, đã tuyên bố rằng cuộc cách mạng đã mang lại cho Hồi giáo một tên xấu, lập luận "Thật không may, cuộc cách mạng chỉ còn cái tên là đạo Hồi. Nội dung của nó đã thay đổi, và những gì đang diễn ra dưới danh nghĩa Hồi giáo mang đến một hình ảnh xấu về tôn giáo. Đây là tôn giáo của lòng tốt và sự khoan dung. " [42] Ông cũng đã ban hành một tuyên bố vào năm 2008 để ủng hộ quyền của người theo đạo Baha'i tại Cộng hòa Hồi giáo, nói rằng mặc dù Baha'is không phải là người của Sách như người Do Thái, Kitô hữu và Hỏa giáo, nhưng dù sao:

"Họ vẫn là công dân của đất nước này, họ có quyền công dân và sống ở đất nước này. Hơn nữa, họ phải được hưởng lợi từ lòng trắc ẩn của đạo Hồi được nhấn mạnh trong Kinh Qur'an và từ các nhà lãnh đạo tôn giáo. "

Montazeri một lần nữa lên tiếng chống lại Ahmadinejad vào ngày 16 tháng 6 năm 2009 trong các cuộc biểu tình chống lại sự tái tranh cử của ông. Ahmadinejad đã được bầu lại làm tổng thống sau một cuộc bầu cử tranh chấp và tranh chấp chặt chẽ, liên quan đến nhiều ứng cử viên, nhưng những người bỏ phiếu hàng đầu là Ahmadinejad và cựu Thủ tướng Mir Hossein Mousavi. Chính phủ báo cáo rằng Ahmadinejad đã giành chiến thắng trong cuộc bầu cử với 62% số phiếu. Montazeri tuyên bố rằng "Không ai trong tâm trí của họ có thể tin" kết quả được tính một cách công bằng.[43] Montazeri kêu gọi ba ngày để tang công khai cho cái chết của Neda Agha-Soltan và những người khác bị giết trong các cuộc biểu tình ngày 20 tháng 6. Ông tiếp tục tuyên bố rằng chính phủ cầm quyền hiện tại không phải là Hồi giáo hay cộng hòa, mà là quân đội.[44][45] Vào tháng 11 năm 2009, một ngày trước lễ kỷ niệm 30 năm cuộc khủng hoảng con tin Iran, Montazeri nói rằng việc chiếm đóng Đại sứ quán Mỹ năm 1979 là một sai lầm.[46]